Sin embargo, la novedad más significativa en esta materia resulta de los trabajos del nuevo Instituto Nacional de las Lenguas Indígenas (INALI), creado el 15 de diciembre de 2002. El INALI elaboró el Catálogo de las lenguas indígenas nacionales: variantes lingüísticas de México con sus autodenominaciones y referencias geoestadísticas (conforme a lo dispuesto en el artículo 20 de la Ley General de Derechos Lingüísticos de los Pueblos Indígenas). En el mismo se afirma que "el INALI resolvió catalogar la diversidad lingüística de los pueblos indígenas en México a partir de las siguientes tres categorías, relacionadas de mayor a menor grado de inclusión: 1. Familia lingüística; 2. Agrupación lingüística; 3. Variante lingüística."

Familia lingüística

La categoría familia lingüística [...] se define como un conjunto de lenguas cuyas semejanzas estructurales y léxicas se deben a un origen histórico común. Once familias lingüísticas indoamericanas son consideradas aquí en razón de que cada una de ellas se encuentra representada en México con al menos alguna de sus lenguas. Dichas familias, dispuestas por su ubicación geográfica de norte a sur en nuestro continente, son:

1. Álgica
2. Yuto-nahua
3. Cochimí-yumana
4. Seri
5. Oto-mangue
6. Maya
7. Totonaco-tepehua
8. Tarasca
9. Mixe-zoque
10. Chontal de Oaxaca
11. Huave

Agrupación lingüística

Se define como el conjunto de variantes lingüísticas comprendidas bajo el nombre dado históricamente a un pueblo indígena [...]

Las 68 agrupaciones lingüísticas consideradas en esta obra, dispuestas en orden alfabético, son:

Akateco — amuzgo — Awakateco — ayapaneco — cora — cucapá — cuicateco — chatino — chichimeco jonaz — chinanteco — chocholteco — chontal de Oaxaca — chontal de Tabasco — Chuj — ch’ol — guarijío — huasteco — huave — huichol — ixcateco — Ixil — Jakalteko — Kaqchikel — Kickapoo — kiliwa — kumiai — ku’hal — K’iche’ — lacandón — Mam — matlatzinca — maya — mayo — mazahua — mazateco — mixe — mixteco — náhuatl — oluteco — otomí — paipái — pame — pápago — pima — popoloca — popoluca de la Sierra — qato’k — Q’anjob’al — Q’eqchí’ — sayulteco — seri — tarahumara — tarasco — Teko — tepehua — tepehuano del norte — tepehuano del sur — texistepequeño — tlahuica — tlapaneco — tojolabal — totonaco — triqui — tseltal — tsotsil — yaqui — zapoteco — zoque [hemos respetado la grafía del original, CZ y EZM].

Variante lingüística

Según los criterios del INALI:

La categoría variante lingüística es la que alcanza el mayor grado de detalle de los niveles de catalogación aplicados en este trabajo. Se define como una forma de habla que: a) presenta diferencias estructurales y léxicas en comparación con otras variantes de la misma agrupación lingüística; y b) implica para sus usuarios una determinada identidad sociolingüística, que se diferencia de la identidad sociolingüística de los usuarios de otras variantes.

Esta categoría es comúnmente empleada por la población hablante de lengua indígena, en particular por la que es biligüe lengua indígena-español, para hacer referencia, precisamente, a formas de hablar que contrastan, en mayor o menor medida, en los planos estructural, léxico y/o sociolingüístico, entre comunidades o regiones asociadas con un mismo pueblo indígena.

Las variantes lingüísticas representan unos de los indicadores más fehacientes de la enorme diversidad lingüística y cultural de México. De conformidad con el estado que guardan los estudios sobre la realidad lingüística de nuestro país y con el propósito de evitar la discriminación lingüística, el INALI considera que las variantes lingüísticas deben ser tratadas como lenguas, al menos en las áreas educativas, de la impartición y la administración de justicia, de la salud, así como en los asuntos o trámites de carácter público y en el acceso pleno a la gestión, servicios e información pública.

En síntesis, el Catálogo de las lenguas indígenas nacionales registra 11 familias lingüísticas, 68 agrupaciones lingüísticas y 364 variantes lingüísticas.