En su análisis del Censo General de Población y Vivienda 1990, el lingüista Leonardo Manrique Castañeda hace la siguiente observación:
Cinco (tal vez seis) de las sesenta "lenguas indígenas" no son idiomas aborígenes de México. Aguacateco, ixil, kakchiquel, kekchí y quiché son lenguas indígenas de Guatemala declaradas por personas que en el momento del levantamiento del Censo estaban radicadas en su mayor parte en los estados de Campeche, Quintana Roo y Chiapas, donde parece claro que eran principalmente refugiados que conservaban su nacionalidad; en cierto sentido, las lenguas mencionadas pueden equipararse a las de otros grupos de extranjeros que conservan la lengua (o una de las lenguas) de su país de origen, como podrían ser los franceses, chinos o cualesquiera otros, y por lo tanto, estrictamente no deberían figurar al lado de las lenguas indígenas mexicanas (o bien, habría la misma razón para que se listaran como "lenguas indígenas (no mexicanas)" el francés, el chino, el japonés, etcétera) [Manrique Castañeda, 1994: 19].
A las lenguas anteriores habría que agregar el kikapú, lengua de la familia algonquina. Los kikapoo, kikapú o kikapúes (chikapw o kikapooa) actuales son descendientes de un pueblo indígena que, tras un largo proceso de migración histórica desde el Canadá y el noreste de los Estados Unidos, se asentó en el territorio de la Nueva España hacia mediados del siglo XVII. En 1859, por decreto presidencial, se le concedieron las tierras que actualmente ocupan en México, ubicadas en el poblado de El Nacimiento, municipio de Melchor Múzquiz, en el estado de Coahuila (Fabila, 2002: 35-56).