A lo largo del siglo XX el Estado mexicano creó o apoyó la creación de diversos organismos para el estudio y atención a los pueblos indígenas. Independientemente de sus orientaciones y logros, es preciso destacar: la Junta para el Mejoramiento y Protección de la Raza Tarahumara (1906), la Sociedad Indianista Mexicana (1910), la Dirección de Antropología, de la Secretaría de Agricultura y Fomento (1917), el Departamento de Educación y Cultura Indígena, de la Secretaría de Educación Pública (1921), La Casa del Estudiante Indígena (1926), el Departamento Autónomo de Asuntos Indígenas (1936), el Instituto Nacional de Antropología e Historia (1938),²⁵ la Dirección General de Asuntos Indígenas (1946) y, cuando se consolida el indigenismo como política pública del Estado mexicano, el Instituto Nacional Indigenista (1948) y la Escuela Nacional de Antropología e Historia (1951).

En la actualidad, diversas Secretarías de Estado —con o sin oficinas indigenistas específicas— y otros organismos e instituciones del Poder Ejecutivo Federal realizan acciones en las áreas indígenas o tratan asuntos relativos a los pueblos indios: Secretaría de Educación Pública, Secretaría de Salud, Secretaría de Agricultura, Secretaría de Desarrollo Social, Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales, Secretaría de Comunicaciones y Transportes, Secretaría de la Reforma Agraria, Secretaría de Relaciones Exteriores, Programa IMSS-Oportunidades (inicialmente denominado Programa IMSS-COPLAMAR, y más tarde Programa IMSS-Solidaridad) y Comisión Nacional del Agua, principalmente.

Existe un número reducido de instancias especializadas en la atención a este sector de la población. En realidad, el único organismo en el que la totalidad de las funciones estaba orientada a ese propósito fue, durante muchos años, el Instituto Nacional Indigenista (INI), reemplazado hoy por la Comisión Nacional para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas (CDI). A raíz de cambios ocurridos en la Administración Pública Federal, en la legislación relativa a los pueblos indígenas y, sobre todo, ante una demanda indígena creciente asociada al conjunto de luchas por lograr derechos específicos y satisfacción de necesidades básicas, varias de las dependencias federales han creado coordinaciones, direcciones o áreas de atención a pueblos indígenas. Mencionamos aquí las principales:

• Comisión Nacional para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas (Esta Comisión reemplazó al Instituto Nacional Indigenista a partir del 21 de mayo del 2003).
• Dirección General de Culturas Populares e Indígenas (Antes: Dirección General de Culturales Populares).
• Coordinación General de Educación Intercultural Bilingüe, de la Secretaría de Educación Pública.
• Dirección General de Educación Indígena, de la Secretaría de Educación Pública.
• Unidad Especializada para la Atención de Asuntos Indígenas, de la Procuraduría General de la República.
• Cuarta Visitaduría General de la Comisión Nacional de Derechos Humanos (La CNDH es un organismo público autónomo).