Desde 1991, la Comisión Nacional de los Derechos Humanos estableció la Coordinación de Asuntos Indígenas, misma que en 1998 se convirtió en la Cuarta Visitaduría General, debido a la cantidad y cualidad de las quejas recibidas, así como por la importancia histórica que tiene para el país el reconocer los derechos humanos de los pueblos indios. A raíz del conflicto suscitado en Chiapas durante 1994, se estableció la Coordinación General en los Altos y Selva de Chiapas, a fin de brindar ayuda humanitaria en casos específicos, por ejemplo los desplazados, y atender las quejas en la zona de conflicto.

Los objetivos de la Cuarta Visitaduría General son: recibir y tramitar las quejas de pueblos e individuos indígenas; realizar labores de difusión y capacitación acerca de los derechos humanos de los pueblos indios; investigar y publicar temas relacionados con la materia, y defender las garantías fundamentales de los indígenas internos, procesados y sentenciados de los fueros federal y común, que se encuentran en los centros de reclusión del país. Para tal efecto, la Dirección General de Asuntos Indígenas cuenta con dos direcciones de área: 1) Dirección de Asesoría Legal, Promoción y Gestión de los Derechos Fundamentales de los Indígenas; y, 2) Dirección de Cultura y Derecho al Desarrollo de los Pueblos Indígenas [Comisión Nacional De Derechos Humanos. URL: http://www.cndh.org.mx/].