Realizar, promover y coordinar investigaciones disciplinarias o interdisciplinarias de carácter teórico, metodológico y aplicado sobre problemas sociales de México y otras regiones, en el marco de la diversidad cultural y la interculturalidad que produzcan y aporten nuevos conocimientos a las humanidades y las ciencias sociales, así como la plena comprensión de las estructuras sociales fundamentales, comunitarias o familiares, de la nación mexicana.

Constituirse como una institución académica reconocida a nivel internacional por la calidad científica de su investigación y compromiso para formar cuadros académicos; capaz de generar conocimiento especializado e impulsar la divulgación del mismo, resolver necesidades sociales, impulsar la participación de los diversos sectores indígenas en los estudios que le competen y vincular los esfuerzos intelectuales, metodológicos y técnicos de las personas y grupos que trabajan temas relacionados con la composición multicultural de la nación mexicana dentro y fuera de la UNAM, así como planear y apoyar el desarrollo de actividades de investigación, formación, extensión y documentación sobre temas de los pueblos indígenas de México.

Impulsar y orientar la investigación, la enseñanza, la reflexión y las propuestas de aplicación relacionadas con la diversidad cultural, la construcción de la equidad y la igualdad en las relaciones interculturales, como ejes fundamentales para la transformación social. Asimismo, impulsar la articulación interdisciplinaria de grupos de interés, tanto en las entidades de la UNAM como en organismos externos que compartan sus campos de atención.