Esta Sede Académica busca desarrollar programas de investigación, extensión, formación y docencia articulados con las instituciones regionales y locales, poniendo especial atención en el sur de la República Mexicana.

La Oficina Oaxaca mantiene abiertas varias líneas de interés académico orientadas a generar nuevos conocimientos acerca de la constitución y operación de sistemas de información sobre la multiculturalidad, la inmigración y la diversidad cultural, los pueblos indígenas y afrodescendientes de México y América, la medicina tradicional mexicana y la construcción de índices de desarrollo social para los pueblos indígenas del país.