El Programa está integrado por cinco coordinaciones, las cuales llevan a cabo tareas sustanciales para el buen desempeño de sus actividades. Entre estas destacan: la concepción y programación de líneas de investigación, la generación de datos y sistemas de información, el desarrollo de recursos humanos, la docencia y la formación profesional, la difusión, vinculación y logística, el manejo y gestión de recursos materiales, y el rescate y conservación documental, entre otras. Las coordinaciones son:

1. Investigación;


2. Docencia;


3. Extensión y difusión;


4. Documentación, Acervos y Sistemas de Información; y


5. Oficina Oaxaca.