Este acervo representa la memoria y testimonio documental de la vida administrativa, intelectual y diplomática de las instituciones y eruditos dedicados al estudio de los pueblos indígenas del siglo xx. Está integrado por 13 500 expedientes, aproximadamente, y se organiza en tres fondos:

1. Instituto Indigenista Interamericano (iii): contiene materiales documentales que registran la historia y conformación del iii, información referente a los pueblos indígenas del continente americano y expedientes derivados de las relaciones diplomáticas y/o laborales establecidas con diversas instituciones del mundo. Resguarda documentos de distintas tipologías, tales como correspondencia, investigaciones en borrador, ponencias, conferencias, diarios de campo, programas de apoyo a pueblos indígenas, etcétera.


2. Instituto de Asesoría Antropológica para la Región Maya a.c. (Inaremac): conjunta documentos y publicaciones en torno a la situación y atención de los pueblos indígenas del estado de Chiapas. Inaremac se fundó en año 1974, en San Cristóbal de las Casas, por iniciativa del sociólogo francés Andrés Aubry y del Obispo Samuel Ruiz García.


3. Fondo Carlos Incháustegui: concentra material documental producido por el antropólogo peruano, como investigador y defensor de los pueblos indígenas de México. Incluye artículos, referencias bibliográficas, bitácoras, borradores, catálogos editoriales, censos, convenios, correspondencia, diarios de campo y materiales relacionados con su labor en el Instituto Nacional Indigenista (ini).