La Oficina Oaxaca desarrolla programas de investigación, extensión y formación articulados o en coordinación con instituciones y organizaciones sociales, regionales y locales, poniendo especial atención en el sur de la República mexicana y en América Latina.

Esta sede del puic mantiene abiertas varias líneas de interés académico orientadas a generar nuevos conocimientos y herramientas de comprensión sobre megaproyectos y proyectos que impactan territorios de los pueblos indios y negros de América Latina, las consecuentes violaciones a sus derechos y las respuestas organizativas de estos pueblos a las agresiones, creando sistemas públicos de información idóneos (Bancos de Datos y Atlas Geo-referenciados).