El Acervo Bibliográfico está integrado por 44 045 volúmenes, aproximadamente, y se organiza en tres fondos:

1. Instituto Indigenista Interamericano (iii): concentra los materiales documentales de la donación de éste, con temas sobre pueblos originarios y movimientos etnopolíticos en México y América, diversidad cultural, migración, políticas públicas y reformas de Estado, derechos humanos, entre otros. Contiene libros, folletos, mapas, fotografías, material audiovisual, publicaciones periódicas y archivo vertical (tesis, informes, misceláneas) y otros.


2. Programa Universitario de Estudios de la Diversidad Cultural y la Interculturalidad (puic): integra la producción editorial del puic y obras que sustentan el marco teórico de los proyectos académicos e investigaciones internas, además de donaciones personales e institucionales. Su temática se relaciona con la diversidad cultural, los pueblos indígenas y afrodescendientes, la medicina tradicional y la migración, entre otras.


3. Fondos Especiales: Se subdividen en:
   1. Fondo Carlos Zolla: resguarda materiales sobre los pueblos indígenas de México, medicina tradicional y antropología, entre otros. Fue una donación del maestro Carlos Zolla, para coadyuvar en el desarrollo de la investigación y la documentación en estos temas.
   
   
   2. Fondo Medicina Tradicional: concentra materiales documentales especializados en temáticas como herbolaria, etnobotánica, magia y diarios de expedición. Este fondo fue donado por el Dr. Xavier Lozoya Legorreta.