Está integrado por 74 136 volúmenes, aproximadamente, y se organiza en dos fondos:

1. Instituto Indigenista Interamericano (iii): se consolidó con la donación del Dr. Manuel Gamio de 130 informes del Bureau of American Ethnology del Instituto Smithsoniano. Posteriormente, se fue enriqueciendo con diversas donaciones de editores, autores, gobiernos, institutos y universidades nacionales e internacionales. Actualmente, el fondo resguarda publicaciones con una temporalidad que abarca de finales del siglo xix al siglo xxi, entre las que destacan el Anuario y el Boletín Indigenista, Anales del Museo Nacional de México y Boletim do Instituto Historico Geografico e Etnografico Paranaense y Zinruigaku Zassi.


2. Tiempo: está integrado por los periódicos Tiempo: que informa y orienta (1968-2001), La Foja Coleta (1998-2010) y Diario Hoy (1983-1988), los cuales se editaban y publicaban en San Cristóbal de las Casas, Chiapas. Estos diarios fueron los primeros que cedieron espacio en sus notas a los pueblos indígenas de la región de Los Altos de Chiapas y al Ejército Zapatista de Liberación Nacional (ezln). Sus temáticas centrales versan sobre vida cotidiana, política, economía, educación, religiosidad y comunidades indígenas, entre otras. El fondo fue donado en el año 2011 por una de sus fundadoras, la señora Concepción Villafuerte Blanco y familia.